Le niveau un du Néphélé est le niveau situé tout en haut du vaisseau. C'est là que vous trouverez le centre de commandement, mais aussi le cockpit, la salle de réunion du Conseil, le centre militaire et les appartements du Capitaine. On accède au niveau un par un seul et unique ascenseur et une cage d'escaliers discrète, les deux s'ouvrant directement sur le centre de commandement.

Premier niveau résidentiel, le niveau deux est principalement constitué d'appartements grands, à trois ou quatre chambres, parfaits pour des familles. C'est également ici que vous trouverez l'église de l'Appel Stellaire, non loin des ascenseurs arrières, ainsi que l'étage du fameux bar-discothèque M81, situé dans la baie d'observation gauche du vaisseau.

Second niveau résidentiel, le niveau trois est constitué d'appartements plus petits, avec une ou deux chambres, idéaux pour des célibataires, des couples ou des jeunes parents. C'est aussi à ce niveau que vous trouverez l'entrée vers le M81, mais aussi le plus grand magasin de vêtements du vaisseau et le seul salon de tatouages et piercings.

Le niveau quatre du vaisseau est entièrement consacré à la science, c'est donc ici qu'il y aura le plus de trafic. Vous y trouverez des dizaines de laboratoires, mais aussi, et surtout, deux hôpitaux absolument gigantesques à chaque extrémité du niveau et à proximité immédiate des ascenseurs. Ici, il y a de l'agitation vingt-quatre heures sur vingt-quatre, sept jours sur sept.

Entièrement dédié à la nature, ce niveau est composé de salles immenses, chacune recréant un écosystème bien spécifique pour mettre à l'aise plantes et animaux. Ainsi, vous pouvez passer d'une prairie verdoyante à une banquise glacée en l'espace de quelques minutes. C'est aussi ici qu'on fait pousser légumes, fruits et céréales, et qu'on élève le bétail.

Dernier niveau du vaisseau, le niveau six est un véritable labyrinthe de machines. C'est ici que sont situées les salles des machines, mais également les énormes moteurs du Néphélé. Vous y trouverez surtout les membres du génie technique ici, tels que les ingénieurs ou les mécaniciens, mais les enfants aiment bien jouer à cache cache entre les tuyaux et les armoires électriques...